食品保健品潔凈室（區）是在食品行業的原料加工、深加工生產的一門潔凈技術的應用。食品行業的潔凈室，除了控制空氣中的微粒外，也對空氣環境的微生物控制嚴格，在技術上防止微生物對食品的交叉污染。其中，像合景凈化工程公司近期總承包建設的佛山立高食品幾萬方大型潔凈廠房車間就最具代表性，該廠房車間是無菌包裝，食品的無菌包裝（如軟包裝鮮果汁、牛乳制品等等），是在潔凈環境中完成包裝工藝，在保持食品色、香、味、營養等方面大大優于一般的高溫殺菌的罐裝食品。除了食品潔凈車間的無菌包裝，空氣潔凈技術在食品釀造、發酵中也有很高的應用。

       食品保健品潔凈室（區）的潔凈等級參照醫藥工業潔凈室，但比一般的潔凈室要求要高，根據原來的現在已停止實行的美國聯邦標準FS 209B具體細化可分為100級、1000級、10000級、100000級、3000000級，根據與ISO-14644是國際標準接軌的中國國家標準GB-50073有1～9級，原來的100級、1000級、10000級和100000級都是分別由被國際標準ISO-14644標準中的5級、6級、7級和8級所替代，這類潔凈室（區）的潔凈度等級1-8級，其中1～5級，氣流流型為單向流或混合流，風速0.2～0.45m/s；6級氣流流型為非單向流，換氣次數50～60次/h；7級氣流流型為非單向流，換氣次數15～25次/h；8～9級氣流流型為非單向流，換氣次數10～15次/h。

       在這類食品廠房潔凈室更注重衛生、安全，對車間內墻壁、天花板和門窗均應選用無毒、淺色、防水、防霉、不脫落、易于清洗的材料修建；墻角、地角、頂角應當具有弧度（曲率半徑應不小于3cm）；車間內的操作臺、傳送帶、運輸車、工器具均用無毒、耐腐蝕、不生銹、易清洗消毒、堅固的材料制作。合景凈化工程公司認為，這類型廠房潔凈車間工程需在專業的規劃設計期，以專業的施工技術，盡可能使完成的潔凈室能給客戶創造高品質價值和節能環保，而且，這類潔凈室有很多余熱等可回收的能源，對這類的潔凈室有很多在節能方面的措施方案潛力挖掘。